يتضمن التعقيم بالأوتوكلاف ثلاث مراحل متميزة:
إزالة الهواء: في هذه المرحلة الأولية، يقوم الأوتوكلاف بإزالة الهواء من الغرفة. تمتص مضخة التفريغ الهواء، مما يخلق بيئة منخفضة الضغط. تضمن هذه الخطوة أن البخار يمكنه اختراق جميع المناطق بشكل فعال والوصول إلى الحمولة من أجل التعقيم المناسب.
التعقيم: بمجرد إزالة الهواء، تصل درجة الحرارة داخل الأوتوكلاف إلى المستوى الصحيح. البخار المشبع الناتج تحت الضغط يقتل البكتيريا والفيروسات والكائنات الحية الدقيقة الأخرى. درجة الحرارة المعتادة للتعقيم هي 121 درجة عند ضغط 1.1 كجم/سنتيمتر مربع (كجم/سم²) (أي ما يعادل 15 رطل/بوصة مربعة (رطل/بوصة²)). تختلف مدة التعقيم وفقًا لحجم الحمولة ولكنها تعتبر بشكل عام 15-20 دقيقة.
التبريد/التجفيف: بعد التعقيم، يتم إطلاق البخار، ويبرد الأوتوكلاف. بمجرد أن تصبح درجة الحرارة آمنة، يتم فتح الباب، وتصبح العناصر المعقمة جاهزة للاستخدام.
تعتبر إزالة الهواء بشكل فعال، وتحديد المواقع المناسبة للمواد، ووقت التسخين المناسب أمرًا بالغ الأهمية لنجاح التعقيم بالأوتوكلاف.